El primer título fue el del ascenso a Primera División, en el primer año en el fútbol profesional. Deportes Iquique fue campeón el 6 de enero de 1980 con una fuerte localía en la que lograron un rendimiento del 94,7%.
Deportes Iquique conquistó la Copa Polla Gol el 13 de abril de 1980, luego de derrotar en la final por 2-1 a Colo-Colo, con goles de Omar Sauvageout y Fidel Dávila. En aquel campeonato, Deportes Iquique venció en semifinales a Universidad de Chile en una campaña donde los diarios locales afirmaban en sus titulares “Iquique es Chile”.
Deportes Iquique fue campeón y ascendió en una campaña que acabó con el equipo invicto como visitante, dirigidos por el fallecido técnico nacional, Manuel Rodríguez.
El título del 2006 fue el de la esperanza. Un equipo formado en gran parte por jugadores iquiqueños, consiguieron el regreso al fútbol profesional chileno el 6 de enero del 2007.
Deportes Iquique fue bicampeón el año 2010, levantando los trofeos de Cop Chile y Primera B, regresando así a la Primera División y clasificando también a su primera copa internacional: la Copa Sudamericana.
El 2014, Deportes Iquique se consagró campeón de la Copa Chile MTS 2014, en medio de semanas de locura en la región de Tarapacá que 12 días antes había sido azotada por dos terremotos. El equipo regaló un triunfo importante luego de vencer por 3-1 a Huachipato, en el estadio Monumental.