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Copa Chile MTS
Era el inicio de los torneos con "calendario europeo". El primer desafío del año era la ya clásica Copa Chile, donde Iquique quedó emparejado en el grupo 8 junto a San Marcos, Cobreloa y Deportes Antofagasta. Con un doble triunfo sobre San Marcos y un empate en Calama, el equipo se empinaba hacia la clasificación que conseguiría en la quinta fecha tras ganarle a Antofagasta en casa. Con una brillante actuación en el torneo, Rodrigo "Rengo" Díaz se matriculó con 7 dianas en la primera ronda, las cuales serían la base para convertirse en el goleador del certamen con 8 goles. De aquí en más, Deportes Iquique sólo obtendría triunfos, partiendo los octavos de final en Coquimbo, ganando al local por 2 tantos a 0 y para la vuelta fue un 3-2; en cuartos de final destaca el triunfo en la altura de El Salvador por la cuenta mínima, para repetir el resultado tres días más tarde en casa. Previo a las semifinales, el cuadro celeste selló su clasificación a la Copa Sudamericana 2014 tras alcanzar la final de la liguilla 2013 luego de vencer a Universidad Católica en llaves de ida y vuelta. Las semifinales correspondían jugarse a fines de enero, esta vez tocaba visitar el Valle del Aconcagua, donde un triunfo 2-0 dejaba a los Dragones con un pie en la final, lo cual fue ratificado en casa con un triunfo 1-0 (gol de Walter Mazzolatti). En la final aparecía Huachipato de Talcahuano, a quien Iquique le había ganado por 1-0 en el sur, en partido válido por el Torneo de Clausura. La final fue fijada para el día 16 de abril, casi en el final de la temporada en la que Iquique peleaba los puestos de avanzada del Clausura, siendo un punto de inflexión en el equipo los terremotos del 1 y 2 de abril de aquel año, que terminaron pasando la cuenta en el ánimo de los jugadores, en el campeonato nacional. A poco de la final, el equipo sufrió derrotas frente a Ñublense, Audax y Rangers de forma consecutiva, lo cual no fue obstáculo para que, sacando su mejor juego frente a Huachipato, se lograra el título tras vencerlos por 3-1 en el Estadio Monumental con goles de Villalobos, Pinares y un autogol de Crovetto. Iquique ganaba su tercera Copa Chile y ubicándose como el cuarto equipo con mas copas ganadas.
Copa Chile 2013 - 2014
 
FECHA
LOCAL
RESULTADO
VISITA
ARBITRO
ESTADIO
03.07.2013 Deportes Iquique 3 - 2 San Marcos Julio Bascuñán Tierra De Campeones
06.07.2013 San Marcos 0 - 2 Deportes Iquique Cristián Andaur Carlos Dittborn
14.07.2013 Cobreloa 3 - 3 Deportes Iquique Jorge Osorio Regional, Afta
17.07.2013 Deportes Iquique 0 - 1 Cobreloa Christian Rojas Tierra De Campeones
20.07.2013 Deportes Iquique 4 - 0 Deportes Antofagasta Claudio Aranda Tierra De Campeones
23.07.2013 Deportes Antofagasta 2 - 0 Deportes Iquique Jorge Osorio Regional
OCTAVOS DE FINAL
08.09.2013 Coquimbo Unido 0 - 2 Deportes Iquique Jorge Osorio Francisco Sánchez Rumoroso
13.10.2013 Deportes Iquique 3 - 2 Coquimbo Unido Christian Rojas Tierra De Campeones
CUARTOS DE FINAL
13.11.2013 Cobresal 0 - 1 Deportes Iquique Carlos Rumiano El Cobre
16.11.2013 Deportes Iquique 1 - 0 Cobresal Carlos Rumiano Tierra De Campeones
SEMIFINAL
29.01.2014 Unión San Felipe 0 - 2 Deportes Iquique Jorge Osorio Municipal
06.02.2014 Deportes Iquique 1 - 0 Unión San Felipe Eduardo Gamboa Tierra De Campeones
FINAL
16.04.2014 Deportes Iquique 3 - 1 Huachipato Julio Bascuñán Monumental